Les gènes suggèrent que les chiens descendraient d’une race aujourd’hui éteinte de loups

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Des loups d’aujourd’hui, comme ces derniers (photo), sont étroitement liés aux chiens, mais « combien » étroitement ? Le séquençage génétique n’a en effet pas mis en évidence une lignée claire des loups aux chiens.

La dernière étude génétique relative aux origines des chiens confirme qu’ils auraient été domestiqués par des chasseurs-cueilleurs il y a au moins 9.000 ans – mais les résultats soulèvent presque autant de questions qu’ils apportent des réponses.

 Quel type précis de loup a donné naissance au « meilleur ami de l’homme » ? La domestication a-t-elle tiré profit d’un « caprice génétique » rare, ou les humains ont-ils simplement mis à profit des traits de l’espèce loup ?

 L’étude éditée dans le journal PLOS Genetics ne résout pas encore ces énigmes. Mais un de ses auteurs majeurs, à savoir le généticien John Novembre de l’Université de Chicago, indique que les chercheurs travaillent sur des manières d’obtenir les réponses.

 « Les études d’ADN ancien vont être très passionnantes à ce sujet dans un avenir proche, » a-t-il dit à NBC News dans un email.

 Novembre a dit qu’il demeure des compléments à faire aux premiers travaux d’étude et d’analyse de l’ADN mitochondrial des loups d’aujourd’hui et du loup antique. Il suggère toutefois que les chiens seraient descendus d’une espèce de loup aujourd’hui éteinte. L’histoire génétique est cependant compliquée du fait des croisements entre les chiens et les loups dans l’histoire récente.

 Résultats inattendus

L’étude de PLOS Genetics se fonde sur des analyses détaillées des génomes de deux races de chien, d’un dingo d’Australie et d’un Basenji dont la lignée remonte en Afrique. Les génomes pour trois loups vivant dans différentes régions du monde – Croatie, Israël et Chine – ont été également analysés. Pour compléter, les chercheurs ont ordonnancé le génome d’un chacal doré et ont inclus le génome précédemment étudié d’un boxer Européen. 

Les trois loups ont été choisis afin de représenter les trois régions du monde qui ont été identifiées comme points potentiels d’origine des chiens domestiques, à savoir l’Europe, le Moyen-Orient et l’Asie. « Ces séquences de génome de loup font parties des premières, et sont celles offrant la meilleure qualité jusqu’à présent » a dit Novembre. « Sans génome de loup de haute qualité, il est difficile d’obtenir des informations sur les origines des chiens. » 

Avec ses collègues il s’attendait à constater que le chien serait génétiquement lié plus étroitement avec à un des loups qu’avec les autres. Cela aurait fourni un nouvel indice dans le roman policier, mais ce n’est pas ce qui s’est produit. Au lieu de cela, les résultats ont suggéré que le Basenji et le dingo seraient tous les deux descendus d’un même ancêtre de type lupin.

« Peut-être la lignée de loups ayant donné des chiens est éteinte et n’est pas représentée bien par les loups modernes, » a dit Novembre. « Le papier d’ADN mitochondrial antique suggère que la lignée antique des loups proviendrait de l’Europe. »

Chasse versus agriculture

Les premières recherches ont estimé que la domestication se serait produite il y a 18.000 à 32.000 ans. L’article de cette semaine propose lui un éventail de dates allant de 9.000 à 34.000 ans. Les deux délais sont antérieurs à l’émergence de l’agriculture, qui s’est produite il y a quelques milliers d’années. Ces résultats mettent en exergue que les chiens auraient commencé leur relation avec l’homme plutôt comme compagnons de chasse que comme « extracteurs » mangeant les restes abandonnés par les villages.

Novembre et ses collègues ont également disserté sur des résultats d’études antérieures montrant que les chiens ont un système digestif adapté à l’amidon, et du lien éventuel avec leur proximité avec les activités agricoles humaines. Elles ont montré en effet que la plupart des chiens ont un nombre élevé de gènes d’amylase favorisant la digestion d’amidon. Cependant, ce n’est pas le cas pour les chiens qui n’ont pas été en lien étroit avec les sociétés agraires, tels que les chiens de traîneau sibériens et les dingos.

Toutefois, les chercheurs ont trouvé des gènes d’amylase chez les loups aussi. Pris ensemble, les résultats donnent l’avantage au scénario de chien-compagnon de chasse : les chiens ont probablement commencé comme carnivores, mais se sont graduellement adaptés à un régime avec des féculents quand cela s’est avéré plus utile. 

Les enregistrements génétiques suggèrent que les chiens seraient passés par une population étroite de type « goulot d’étranglement » après qu’ils aient divergé des loups. Les loups sont passés par un goulot d’étranglement semblable, et cela a peut-être coïncidé avec la période  durant laquelle la race du loup qui a engendré les chiens s’est éteinte. Pourquoi le goulot d’étranglement s’est-il produit ? C’est une autre question à laquelle il faudra répondre.

 « Vraisemblablement, les changements d’habitat et de disponibilité des proies au fur à mesure de l’expansion humaine font partie de l’explication, » a dit Novembre.

Alan Boyle, NBC Science, janvier 2014

 

photo n1 (2)La génétique et autres de Freedman/PLOS. Ce diagramme esquisse l’évolution des relations génétiques au fil du temps, basé sur les génomes de trois chiens, de trois loups et d’un chacal. Les durées se basent sur des hypothèses de taux de mutation.

 

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